กลุ่มตรวจสอบภายใน กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร กลุ่มงานจริยธรรม กลุ่มตรวจราชการ กลุ่มนิติการ สำนักงานเลขานุการกรม กองการจัดสรรน้ำ กองพัฒนาแหล่งน้ำ 1 กองพัฒนาแหล่งน้ำ 2 กองยุทธศาสตร์และแผนงาน กองวิเคราะห์และประเมินสถานการณ์น้ำ กองวิจัย พัฒนาและอุทกวิทยา กองอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำ ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 1 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 2 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 3 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 4 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 5 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 6 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 7 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 8 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 9 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 10 สำนักงานทรัพยากรน้ำที่ 11